El movimiento de Hidalgo había fracasado ya y el general español Calleja dedicó ahora todos sus esfuerzos a aplastar a Morelos. Calleja dominaba los pequeños núcleos insurreccionales del norte.
Morelos, a su vez, se dedicó a organizar politicamente la zona que dominaba y en junio de 1813 decidió reunir un congreso que declarara la independencia. El 6 de noviembre fue declarada la independencia de la Nueva España. En 1814 el congreso y Morelos proclaman en Apatzingán la primera constitución.
Hacia el otoño de 1815, el movimiento revolucionario estaba en retirada en todas partes, acosado por las fuerzas de Calleja que había sido nombrado virrey. El congreso decidió refugiarse en Tehuacán. Para facilitar el traslado, Morelos emprendió la marcha con ellos. El jefe realista Concha, lo sorprendió y lo obligo a librar batalla en Texmalaca. Morelos pudo asegurar la fuga del congreso, pero cayó prisionero. Fue conducido a México, hecho prisionero en las celdas de la Inquisición, despojado de sus hábitos sacerdotales y ejecutado en San Cristóbal Ecatepec el 22 de diciembre del mismo año.